| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,817,884 | 0 | T | A | 8.0% | 249.4 / 11.0 | 75 | intergenic (‑24/+175) | argQ/argZ | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/34); new base A (3/3); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
ATAAAGGAGTTATTTAGAAATGAGATATTTTTGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATAC > NC_000913/2817597‑2818169 | aTAAAGGAGTTATTTAGAAATGAGATATTTTTGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTActgct < 1:411936/288‑1 (MQ=255) aGTTATTTAGAAATGAGATATTTTTGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TAtt < 1:90632/287‑1 (MQ=255) aTTTAGAAATGAGATATTTTTGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATCTTTTTCTCatgctatcattaaaac > 2:181549/1‑277 (MQ=255) tttAGAAATGAGATATTTTTGAAGGCAATTTTTTGGGGAAGTTGGTGCGTCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTGCCTGGTGCCTGCGGTTAAGACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCg < 2:689882/289‑1 (MQ=255) agaTATTTTTGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTCCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGTATTCGAACCTCCTACCGCTCCGTTCGTAGCTGAGCACTTTATACAGCTGGGCTACGGATGCATCGGGCAACATTCTTCTACGGCTG‑‑A‑‑TACTGATACCGCGACTAAAGc > 2:645690/1‑289 (MQ=255) ttGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCaa < 2:163743/289‑1 (MQ=255) aagtgttgtgagaAGAGGGGGCATCCGGGAGAATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGGTTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAagag < 2:257979/279‑1 (MQ=255) 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cctGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTCGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGGCCCCGCgg > 2:762026/1‑289 (MQ=255) tGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAAt > 1:251358/1‑289 (MQ=255) ccTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGGTGCTCAAGCCAAGTTATCCTACATAGTGCCTGCGGTTACtt > 1:688926/1‑288 (MQ=255) 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aGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCg < 2:32623/185‑1 (MQ=255) aGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCg > 1:32623/1‑185 (MQ=255) aGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCCTTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTCTCCGACTCCTCTTTCCa > 1:196662/1‑288 (MQ=255) aGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTCCGG‑‑A‑‑TATTAATACCGTTACAAAAGCCATATCAATTAACAGATGTTGCATCCGGGAGGATTACTCCCCTTACGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAATCCACGTTCTCATCCGTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCCTTAACCTCATTCCTGACGCTTTCGGAACATATGGTTCCTCCGGGAGGATTCGAACCTCCGAACGCTCGGTTCATACGCCAGTACtatacaca > 2:590627/1‑284 (MQ=17) tATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCCACCTCTTCGATACCTTCATTTCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCGGGCAGGCTTCCAACCTCCTCCCGCTCGCTCCGTACCCGAGTACTCTATCCAGcgaacct > 1:794288/1‑283 (MQ=17) cTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGAtt > 1:404522/1‑203 (MQ=255) 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cTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCaa < 1:205812/133‑1 (MQ=255) cTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTat > 2:64750/1‑139 (MQ=255) cTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTat < 1:64750/139‑1 (MQ=255) cTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGga > 1:701410/1‑203 (MQ=255) cTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGga < 2:701410/203‑1 (MQ=255) 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gctg‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGaa > 2:53851/1‑262 (MQ=255) | ATAAAGGAGTTATTTAGAAATGAGATATTTTTGAAGGAAATTTTTTGGAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATGACTCACTGACGTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTATCCTTCCTGGTGCCTGCGGTTAATACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTG‑‑A‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCATCCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATAC > NC_000913/2817597‑2818169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |