| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,448,927 | Δ1 bp | 8.2% | coding (236/351 nt) | chpB → | toxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,448,927 | 0 | T | . | 8.2% | 171.0 / 6.6 | 49 | coding (236/351 nt) | chpB | toxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/22); new base . (2/2); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
AGCGAGCAGGATGTCTGGGGTAAATCCACCCCTGCGGGTGACGAAATATGGTAAAGAAAAGTGAATTTGAA‑CGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGTTTTCC > NC_000913/4448645‑4449185 | aGCGAGCAGGATGTCTGGGGTAAATCCACCCCTGCGGGTGACGAAATATGGTAAAGAAAAGTGAATTTGAA‑CGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCGTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTATCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCACCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGCTGTGCACGGCGTGGTGCTGGTCaa > 2:175672/1‑289 (MQ=255) gAGCAGGATGTCTGGGGTAAATCCACCCCTGCGGGTGACGAAATATGGTAAAGAAAAGTGAATTTGAA‑CGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAAt < 1:306254/287‑1 (MQ=255) cTGGGGTAAATCCACCCCTGCGGGTGACGAAATATGGTAAAGAAAAGTGAATTTGAA‑CGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGgatgc < 2:462448/289‑2 (MQ=255) ggTAAAGCCACCCCTGCGGGTGACGAAATATGGTAAAGAAAAGTGAATTTTAA‑CGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATgg < 2:225542/288‑1 (MQ=255) 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tAGCGTTCCTTTACAGTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAg < 1:451138/289‑1 (MQ=255) tACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCCTAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCg > 2:416899/1‑289 (MQ=255) tGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGtttt > 2:449316/1‑288 (MQ=255) cGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGTCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTCTTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGTTTTcc > 2:74165/1‑288 (MQ=255) cGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGCAGGAGGCAACGATCTCAGCCTTCGCGGTTTCTGCGTTTTcc > 2:369824/1‑288 (MQ=255) | AGCGAGCAGGATGTCTGGGGTAAATCCACCCCTGCGGGTGACGAAATATGGTAAAGAAAAGTGAATTTGAA‑CGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGTTTTCC > NC_000913/4448645‑4449185 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |