| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2852106 = | 129 (0.880) | 3 (0.020) | 3/444 | NT | 2.3% | coding (243/273 nt) | hypC | hydrogenase maturation protein |
| ? | NC_000913 | 2852166 = | 132 (0.930) | coding (31/1122 nt) | hypD | hydrogenase maturation protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGACACCTGCGTGGAGATTGCCAGCCATCCGGAAGTCATCTTCTGTACCTTTGGCGACGCCATG > NC_000913/2851895‑2852435 | ccATGGACGGGAACCAGGCGAAAGGCGACGTTCTCGGCATTGCGAGCGATGGCGATTTAACGTTAGGCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCGGGCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGAAACCCTCGCCGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAAc < 2:530361/275‑1 (MQ=255) aCGGCAAGCCGGCGAAAGGCGACGTGGCGGGCATGCAGCGCGATGGCGCTTTAACGTGAGTCGGCAGATGCGATGAAAACGGTCACCCGCGGGTGGGCCAGTGGGAACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTg < 2:633113/274‑1 (MQ=255) cAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCa < 1:1019062/275‑1 (MQ=255) cccatcggcattaagcacaccgggcaccccggaccggagataatctcaacgttttccggcagtaagtggtcgaggtcgaatttaaagatagcgtgggtaggaccgccacacacttccataatccgcagagggcgttcggcggtgtaagagagatgtgaagcacgttcgcgcagatgctcaattaactgcatcaccttttccggcgcgcgatattcatcaacaaaacgcattatttttcctcgccatacaacagcgcgccgGAACAGGTGATGCa < 1:586772‑M2/14‑1 (MQ=255) ccAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGtt < 1:733415/275‑1 (MQ=255) tcaaCGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGGGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCAt < 1:1096288/271‑1 (MQ=255) gACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTg > 2:274228/1‑275 (MQ=255) 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cTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCACGCTGTTGTATGGCGAGGAAACATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGAGGCAGGTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTTCTTCACCTCTCACTTACCCCGCCCAACGCCATCTGCg > 2:800058/1‑275 (MQ=255) cTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTATCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATACTGGGGTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGAATCTGCGCGAAAGTGCTTCACATCTCTCTTACCACGCCGAACGCCCTCTGCg > 2:1289510/1‑275 (MQ=255) tGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTgcg < 1:120425/229‑1 (MQ=255) 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aaaaTAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATggg < 2:1345401/236‑1 (MQ=255) aaaTAACTCGTGTTGGTGACGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGAGGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGACACCTGCGTGGAGATTGCCAGCCATCCGGaa < 1:392810/275‑1 (MQ=255) taatGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAAGTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGACACCTGCGTGGAGATTGCCAGCCATCCGGAAGTc < 1:1127413/275‑1 (MQ=255) 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CCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGACACCTGCGTGGAGATTGCCAGCCATCCGGAAGTCATCTTCTGTACCTTTGGCGACGCCATG > NC_000913/2851895‑2852435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |