| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,483,912 | T→A | 6.0% | V53D (GTC→GAC) | evgA → | response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,483,912 | 0 | T | A | 6.0% | 312.1 / 3.7 | 100 | V53D (GTC→GAC) | evgA | response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/47); new base A (5/2); total (51/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTGAG > NC_000913/2483764‑2484056 | ataatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt < 3:121061/149‑1 (MQ=255)ataatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt < 5:315463/149‑1 (MQ=255) attattGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGa < 8:257178/149‑1 (MQ=255) tattGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACGata 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tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGt > 6:365754/1‑149 (MQ=255) catcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGa > 4:38639/1‑132 (MQ=255) catcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGa < 3:38639/132‑1 (MQ=255) cttGATGTCGATATCCCCTGAGTTAACGGTATGCAGGTGTTAGATACGCTGAGGAAGCGCGAATATAGCGGAATTATTATTATCCGCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTAGGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCTCTAATGGTTTCGt < 2:252331/148‑1 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCTGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGt < 5:351590/149‑1 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGt < 5:147813/149‑1 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGt > 4:265990/1‑149 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGt > 8:121705/1‑149 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGt < 1:384989/149‑1 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTGAg > 8:351304/1‑148 (MQ=255) | ATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTGAG > NC_000913/2483764‑2484056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |