| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,003,651 | T→C | 5.9% | L55L (TTG→CTG) | xdhC → | xanthine dehydrogenase, Fe‑S binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,003,651 | 0 | T | C | 5.9% | 198.6 / 2.9 | 69 | L55L (TTG→CTG) | xdhC | xanthine dehydrogenase, Fe‑S binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/33); new base C (2/2); total (32/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
CATCGAATGCACCATTAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGCTTATGCGAAATCCGGCGCAGTGCAGTGCG > NC_000913/3003512‑3003798 | cATCGAATGCACCATTAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACg < 7:137025/149‑1 (MQ=255)cATCGAATGCACCATTAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGGCGACg < 2:221977/149‑1 (MQ=255)cATCGAATGCACCATTAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGAGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGTTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACg < 6:326769/149‑1 (MQ=255) aTCGAATGCACCATTAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACgg < 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ttAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAATGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGAc < 2:203664/149‑1 (MQ=255) aaCGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACa < 3:167078/148‑1 (MQ=255) ccTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGAACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTtat < 2:203328/148‑1 (MQ=255) cTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATAc < 7:119/149‑1 (MQ=255) ttttCAGCTTCACGCCGCACAAGGCACGCCGCTCTCGTAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCTACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTta < 1:289915/145‑1 (MQ=255) ttttCAGCTTAACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTACGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCtgttag > 2:289915/1‑143 (MQ=255) tCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCtt < 3:292960/148‑1 (MQ=255) aCGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGACGCCTgg > 8:73019/1‑149 (MQ=255) cgccgcACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTggg > 5:23289/1‑149 (MQ=255) gccgcACCAGTCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGTGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGAACATCAATAGACAGTTGCTTAAACCTTGCCGCCTGGGc > 6:88748/1‑149 (MQ=255) gccgcACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGCACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGCCAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGc > 7:141607/1‑149 (MQ=255) ccgcACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGCTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCt > 5:63150/1‑149 (MQ=255) ccgcACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGCTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCt > 5:58334/1‑149 (MQ=255) gCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGaa > 3:117924/1‑147 (MQ=255) gCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGGGCTGCGTGGGGGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTTCCGCCTGGGCTGAAGGaaaa < 1:111927/149‑1 (MQ=255) cACGCCGCGCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGGGTCAAACAAGGGCGCTGCGTGGGTGAAGGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAag < 8:141607/149‑1 (MQ=255) tctcGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCg > 2:127351/1‑148 (MQ=255) tctcGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCg > 1:258061/1‑148 (MQ=255) tcGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATa > 4:240941/1‑99 (MQ=255) tcGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATa < 3:240941/99‑1 (MQ=255) tcGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCAc > 3:144290/1‑149 (MQ=255) 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gAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGCTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGc < 6:58334/149‑1 (MQ=255) cAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGTGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTAGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAg < 8:88251/115‑1 (MQ=255) cAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTAGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAg > 7:88251/1‑115 (MQ=255) cTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGTGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCgg < 3:235975/149‑1 (MQ=255) tAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTgg < 4:96355/126‑1 (MQ=255) tAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTgg > 3:96355/1‑126 (MQ=255) 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aaaCAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGAAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCa > 6:193626/1‑149 (MQ=255) aaCAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCAt < 5:36861/149‑1 (MQ=255) aaCAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTACCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCAt > 4:31950/1‑149 (MQ=255) aCAAGGGTGCTGCGTGGATGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATg < 5:240005/149‑1 (MQ=255) tgcGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGc > 1:154296/1‑149 (MQ=255) 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ggTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGCTTATGCGAAATCCGGCgcagtgcagt > 6:22169/1‑149 (MQ=255) tgtTGGTCGACTGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGCTTATGCGAAATCCGGCGCagtgcagtgc < 8:116268/149‑1 (MQ=255) gtTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGCTTATGCGAAATCCGGCGCAGTGCAGTGCg > 2:328506/1‑149 (MQ=255) ttGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGCTTATGCGAAATCCGGCGCAGTGCAGTGCg < 5:56431/148‑1 (MQ=255) | CATCGAATGCACCATTAACGGGATGCCTTTTCAGCTTCACGCCGCACCAGGCACGCCGCTCTCGGAATTACTCCGCGAACAAGGACTGCTAAGTGTCAAACAAGGGTGCTGCGTGGGTGAATGTGGTGCCTGTACGGTGTTGGTCGACGGCACAGCAATAGACAGTTGCTTATACCTTGCCGCCTGGGCTGAAGGAAAAGAGATCCGCACGCTGGAAGGTGAAGCGAAAGGCGGAAAACTTTCTCATGTTCAGCAGGCTTATGCGAAATCCGGCGCAGTGCAGTGCG > NC_000913/3003512‑3003798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |