| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,378,757 | T→C | 5.1% | D63G (GAC→GGC) | ampC ← | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,757 | 0 | T | C | 5.1% | 299.2 / 2.6 | 96 | D63G (GAC→GGC) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/46); new base C (2/3); total (46/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCAGGCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGA > NC_000913/4378612‑4378905 | ttCAGGCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCg > 5:166931/1‑149 (MQ=255) aGGCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCa < 5:104547/148‑1 (MQ=255) gCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCCCGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAAGTCAAACAAGGTTTGCTGTGTGCCGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCAtcg > 5:117649/1‑147 (MQ=255) gCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAg < 2:388192/149‑1 (MQ=255) gCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCACCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACACCGTTTGCTGTGTGACGGGATGGTTTTTGGCGATGTCCGCAtcg > 4:187153/1‑147 (MQ=255) cAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGcc > 3:83827/1‑149 (MQ=255) cAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGcc > 7:201621/1‑149 (MQ=255) gTATTTTGCTGGGGGATCGCTTACCTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGcccc < 4:89727/149‑1 (MQ=255) tcttttGGTGGGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAAGAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAACTGTGTTGCTGACCGAACCTCACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTGGGCGATGGCCGCATAGCCCCa < 5:260026/147‑1 (MQ=255) aTTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAg > 6:174330/1‑149 (MQ=255) aTTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGGTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAg > 6:174333/1‑149 (MQ=255) ttttGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAg < 4:83827/148‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCGGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAg < 5:142767/148‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCATCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAg < 2:60616/148‑1 (MQ=255) ttgtGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGTCGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAg < 7:169314/149‑1 (MQ=255) ttgtGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTaaa < 2:346576/148‑1 (MQ=255) ttgtGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTaaa < 6:166931/148‑1 (MQ=255) gtgGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGt > 7:291074/1‑148 (MQ=255) 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tttCCCCTCGAGCAATAGCGGCGCCACCAAGCACGACTGTAAATGTTTTGCTGACCGTACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATaa < 6:4766/149‑1 (MQ=255) cTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGttt < 3:67630/133‑1 (MQ=255) cTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGttt > 4:67630/1‑133 (MQ=255) cTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc > 7:177271/1‑149 (MQ=255) cTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc < 1:158836/149‑1 (MQ=255) tCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTaccg > 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ccaccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCgg < 4:215466/149‑1 (MQ=255) caccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAgg > 1:373454/1‑112 (MQ=255) caccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAgg < 2:373454/112‑1 (MQ=255) caccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCgg > 2:273176/1‑148 (MQ=255) caccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCgg > 5:23109/1‑148 (MQ=255) caccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCgg > 8:353493/1‑148 (MQ=255) 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tgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt > 2:342968/1‑147 (MQ=255) tgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGa < 4:164580/149‑1 (MQ=255) aCGTGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgg < 3:84203/149‑1 (MQ=255) aCGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgg > 6:113562/1‑149 (MQ=255) ctgctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcag > 3:18287/1‑149 (MQ=255) 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TTCAGGCCAGTATTTTGTTGTGGGATCGCTTAACTTGATTTCCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGA > NC_000913/4378612‑4378905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |