| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,178,453 | Δ1 bp | 5.6% | coding (1134/1245 nt) | lolE → | lipoprotein‑releasing system transmembrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,178,453 | 0 | G | . | 5.6% | 244.7 / 7.0 | 71 | coding (1134/1245 nt) | lolE | lipoprotein‑releasing system transmembrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/29); new base . (2/2); total (40/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
CTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCGGCAATG > NC_000913/1178313‑1178595 | cTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtctt > 8:254316/1‑149 (MQ=255) tgtggtgtgATTATCGGCGTAGTGGTTGCACTGCAACTTACCCCGATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttct < 8:299259/148‑1 (MQ=255) tgATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTg > 3:291042/1‑149 (MQ=255) aTTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTgg < 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gATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGt < 1:341369/149‑1 (MQ=255) tGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCcgg > 1:398130/1‑149 (MQ=255) gTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTTTTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTg < 2:294994/138‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTg > 1:294994/1‑138 (MQ=255) gTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCcggctc < 2:40173/149‑3 (MQ=255) 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aTCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAAc > 5:163058/1‑147 (MQ=255) aTCGGAATAGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAAc > 4:256673/1‑147 (MQ=255) tCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAg > 7:303024/1‑149 (MQ=255) tCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGGCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAg < 6:90695/149‑1 (MQ=255) ggAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAg > 8:864/1‑147 (MQ=255) ttGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCAAAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCgg > 8:32797/1‑149 (MQ=255) aCTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCGGCAAt > 7:153600/1‑149 (MQ=255) tggctggACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCGGCAATg > 6:271396/1‑148 (MQ=255) tggctggACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCGGCAATg > 6:70730/1‑148 (MQ=255) gctggACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCg < 8:214526/140‑1 (MQ=255) gctggACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCg > 7:214526/1‑140 (MQ=255) | CTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGATTATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGGCAAGTTGGTATCCGGCGCGGCGCGCCAGTAATATTGACCCTGCGCGAGTCCTTAGCGGCCAGTAAAGGCAGTACATTAAAACAAGGAGCGGCAATG > NC_000913/1178313‑1178595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |