| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 172,496 | A→G | 5.1% | Q345Q (CAA→CAG) | fhuB → | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 172,496 | 0 | A | G | 5.1% | 239.4 / 2.4 | 80 | Q345Q (CAA→CAG) | fhuB | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/37); new base G (2/2); total (40/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCTGACTCGCGTGTGGATGGAAGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTA > NC_000913/172349‑172644 | ctGGCTGACTCGCGTGTGGATGGAAGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCaa > 5:298120/1‑148 (MQ=255) gCTGACTCGCGTGTGGATGGAAGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACAtg > 2:341583/1‑149 (MQ=255) gCTGACTCGCGTGTGGATGGAAGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACAt < 3:17468/148‑1 (MQ=255) gCTGACTCGCGTGTGGATGGAAGTGTCCACCGGGTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAAc < 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gtgtGGATGGTAGTGTCCACCGGTTCGTGCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCTCGGCTTAACGCCATCATTTGCTGGCGtt < 6:255068/149‑1 (MQ=255) tgtgGATGGAAGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGttt < 3:6933/149‑1 (MQ=255) tgtgGATGGAAGTGGCCACCGGTGCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGttt < 3:120027/149‑1 (MQ=255) ggatggaAGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCTGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGcc < 8:296421/149‑1 (MQ=255) aGTGTCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCgcgg < 8:238033/149‑1 (MQ=255) tgtCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCgcgggc > 8:242779/1‑149 (MQ=255) gtCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCgcgggcg > 5:136992/1‑149 (MQ=255) gtCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCgcgggcg < 7:179552/149‑1 (MQ=255) tCCACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCgcgggcgg > 1:164275/1‑149 (MQ=255) cACCGGTTCGGTCACTGCGTTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGgcggcg > 6:58066/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |