| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,337,426 | C→T | 6.5% | G532G (GGC→GGT) | acnA → | aconitate hydratase 1; aconitase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,337,426 | 0 | C | T | 6.5% | 189.9 / 3.0 | 61 | G532G (GGC→GGT) | acnA | aconitate hydratase 1; aconitase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/26); new base T (2/2); total (33/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
AACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGATCCGG > NC_000913/1337281‑1337574 | aaCTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAAc > 3:46783/1‑149 (MQ=255) acacCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa < 4:46783/149‑1 (MQ=255) gacgaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTCTCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAg < 6:273802/145‑1 (MQ=255) gacgaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCaa > 8:102862/1‑131 (MQ=255) gacgaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCaa < 7:102862/131‑1 (MQ=255) gacgaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAgg < 8:57448/146‑1 (MQ=255) gacgaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGcc < 7:92034/148‑1 (MQ=255) cTGGGGTTTAACCTTGTGTGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTatcca < 4:268640/149‑1 (MQ=255) cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTatcca > 3:268640/1‑149 (MQ=255) tGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTatccat > 6:146035/1‑149 (MQ=255) aaCCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTgg < 1:346672/148‑1 (MQ=255) gtgGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGcc < 8:355488/127‑1 (MQ=255) gtgGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGcc > 7:355488/1‑127 (MQ=255) gATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAaactaac > 2:334095/1‑149 (MQ=255) aTACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAaactaact > 6:211288/1‑149 (MQ=255) aTACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGACGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAaactaact > 3:92009/1‑149 (MQ=255) ggTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAActggct > 2:321568/1‑149 (MQ=255) ggTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAActggct < 1:334095/149‑1 (MQ=255) accaccTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTc > 7:133622/1‑149 (MQ=255) accaccTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTc > 7:97581/1‑149 (MQ=255) caccTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTatc > 2:56310/1‑115 (MQ=255) caccTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTatc < 1:56310/115‑1 (MQ=255) caccTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTcgc > 1:134126/1‑149 (MQ=255) accTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTcgcc > 2:296550/1‑149 (MQ=255) gTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGTAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCtggtg > 1:310903/1‑149 (MQ=255) gTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACttt > 8:383351/1‑92 (MQ=255) gTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACttt < 7:383351/92‑1 (MQ=255) gTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCtggtg < 5:211288/149‑1 (MQ=255) gTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCtggt < 8:132511/148‑1 (MQ=255) tctGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCtgg < 6:38077/142‑1 (MQ=255) tctGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCtgg > 5:38077/1‑142 (MQ=255) tctGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGtt > 4:25139/1‑147 (MQ=255) tctGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGGCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGtt < 3:25139/147‑1 (MQ=255) ggggCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAActggct > 3:322026/1‑122 (MQ=255) gggTCGCTGCCCGATCCTATCGATAGGGCAATCAAAAAAAGGGATTTAACCGTGGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAActggct < 4:322026/122‑1 (MQ=255) cGCTGCCCGATCCTAACGAAACGGCAATCAAACAAAGCGATTTAACCGTCCGTGCGGTGCTCTCCCGCAACCGTAACTTTGAAGCCCGGATCCATCGGCTGGTTAAAACTAACTGGCGGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGATGCCTAAgcg > 3:3096/1‑149 (MQ=255) cGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCgg < 5:146035/149‑1 (MQ=255) cGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCgg > 4:93791/1‑149 (MQ=255) 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tCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCg < 7:242923/140‑1 (MQ=255) tCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCg > 8:242923/1‑140 (MQ=255) gAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGaa > 5:152277/1‑149 (MQ=255) aaaCGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTATGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAAAATGaa > 3:274805/1‑148 (MQ=255) gCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCaa > 7:261747/1‑149 (MQ=255) aTCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCt < 8:261747/149‑1 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTg > 2:32625/1‑149 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTg > 2:38250/1‑149 (MQ=255) aaaaaaaGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGTAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGc < 2:310903/149‑1 (MQ=255) aaaaaGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCtt < 2:348930/149‑1 (MQ=255) aGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGa < 3:93791/149‑1 (MQ=255) gCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAg > 3:218028/1‑149 (MQ=255) aTTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGGTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCt < 1:296550/149‑1 (MQ=255) aaCCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAatat > 4:286082/1‑126 (MQ=255) aaCCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAatat < 3:286082/126‑1 (MQ=255) tgcTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGGCGTATCCATCCGCTGGTTAAATCTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGGTGCCTTTGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCaaa < 4:3096/149‑1 (MQ=255) cGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGAt < 8:262072/148‑1 (MQ=255) cAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGATCCgg < 6:152277/149‑1 (MQ=255) | AACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGATCCGG > NC_000913/1337281‑1337574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |