| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,663,450 | A→T | 25.2% | T1013S (ACA→TCA) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,663,450 | 0 | A | T | 25.2% | 30.5 / 4.5 | 19 | T1013S (ACA→TCA) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/8); new base T (2/3); total (8/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTCACCACT > NC_000913/3663327‑3663595 | ccAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCATCAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTcc > 5:317595/1‑149 (MQ=255)ccAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCATCAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTcc > 5:323114/1‑149 (MQ=255) cAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCg < 5:9696/149‑1 (MQ=255) tCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTc > 5:68349/1‑149 (MQ=255) tctGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACt < 5:235707/125‑1 (MQ=255) tctGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACt > 6:235707/1‑125 (MQ=255) tGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACtt > 8:103323/1‑124 (MQ=255) tGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACtt < 7:103323/124‑1 (MQ=255) tttATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACa > 6:19619/1‑149 (MQ=255) ggCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCATCAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCttt < 6:323114/147‑1 (MQ=255) ggCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCATCAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCttt < 6:317595/147‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCt < 6:68349/148‑1 (MQ=255) cAGTCATGGTGACGGTTGTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGttt < 8:365317/110‑2 (MQ=255) cGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATgaga < 5:19619/149‑1 (MQ=255) aaCGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGa < 8:353943/149‑1 (MQ=255) ggtaggtaCCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGGCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGt > 3:234986/1‑148 (MQ=255) ggttgcGGCGTTTTGGGCGGGATGTTTGCCGCTTCTGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGTTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGACCTCTTTAATAATGCGTAACGTGTAATTGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAg < 4:234986/143‑1 (MQ=255) gtaCCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGcc < 5:373596/149‑1 (MQ=255) gCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTCACCACt > 1:253569/1‑149 (MQ=255) aaCAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAg > 4:228491/1‑110 (MQ=255) | CCAATCCTGATGACCTCTCTGGCCTTTATTCTCGGCGTGCTGCCGCTGGTTATCAGTCATGGTGCCGGTTCTGGCGCGCAAAACGCGGTAGGTACCGGCGTGATGGGCGGGATGTTTGCCGCAACAGTGCTGGCAATTTACTTCGTTCCGGTCTTTTTCGTTGTAGTGGAACATCTCTTTGCCCGCTTTAAAAAAGCGTAACGTGTAAATGAGAGTAAGGTTGAACATGAAGGTTCAGCCTTACTCTTTCCTGCTAACCATTCACCACT > NC_000913/3663327‑3663595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |