Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,598,022 | G→A | 6.5% | P282S (CCG→TCG) | bamC ← | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,598,022 | 0 | G | A | 6.5% | 188.1 / 3.0 | 62 | P282S (CCG→TCG) | bamC | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base A (2/2); total (31/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
CTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGTCATCAGCT > NC_000913/2597876‑2598167 | cTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGc < 1:57739/148‑1 (MQ=255) tGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCt > 5:353324/1‑148 (MQ=255) tgacggagagTATGACCTTTCGGTTCGATTAACTGTTGGCTGCTGCTGTTATCTAAATCGCCAACCTTCAGTTTTTAGTCACCGTATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCGCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGTCTTATaa < 2:138190/141‑1 (MQ=255) aGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAg < 6:351371/146‑1 (MQ=255) gTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCAt < 4:189547/149‑1 (MQ=255) aCCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGc > 3:196929/1‑149 (MQ=255) tttCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCt > 5:327336/1‑149 (MQ=255) cGGAGCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGc < 4:196929/148‑1 (MQ=255) ggATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCg > 6:342720/1‑148 (MQ=255) gATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACgg < 2:305896/148‑1 (MQ=255) aTGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCTGACAGCGACtg > 6:249100/1‑115 (MQ=255) aTGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCTGACAGCGACtg < 5:249100/116‑2 (MQ=255) aTGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGt > 6:13327/1‑149 (MQ=255) tGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCTGACAGCGACtggca > 2:99199/1‑114 (MQ=255) tGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCTGACAGCGACtggca < 1:99199/118‑5 (MQ=255) tAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCGGATAAGTTACGGCCCTGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCgg > 7:276502/1‑149 (MQ=255) aaTCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATAGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACTGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACtttt > 6:370472/1‑149 (MQ=255) tCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTc < 2:144005/149‑1 (MQ=255) cTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACtt < 1:213529/137‑1 (MQ=255) cTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACtt > 2:213529/1‑137 (MQ=255) cTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTcc > 4:279455/1‑142 (MQ=255) cTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTcc < 3:279455/142‑1 (MQ=255) cTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGcgccg > 3:193415/1‑149 (MQ=255) cAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGcgccgc < 5:245005/147‑1 (MQ=255) cAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTg < 5:13327/149‑1 (MQ=255) gTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGtt > 7:20065/1‑91 (MQ=255) gTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGtt < 8:20065/91‑1 (MQ=255) ggcACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGt < 6:353324/146‑1 (MQ=255) tCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTg < 7:248406/149‑1 (MQ=255) tCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTg > 8:248406/1‑149 (MQ=255) tCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTg > 5:95852/1‑149 (MQ=255) cGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCaa > 4:232654/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACcac < 1:70694/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCACACCACAt > 1:261705/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACcaca > 4:291178/1‑148 (MQ=255) cAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACcaca < 3:291178/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTAATGCCAGTCGCTGTCAGAAAGATTCATAGAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCGACTTTTTCCATCGCCGCTGGCAGACGTTGCCACACCACAt > 8:193526/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAACCCCCAtt > 1:27435/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACAtt < 4:193415/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACAtt > 5:323520/1‑148 (MQ=255) cTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTc > 5:64291/1‑112 (MQ=255) cTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTc < 6:64291/112‑1 (MQ=255) gATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGc < 5:342720/149‑1 (MQ=255) tagctcgcGCCCAGTTCCTGCAAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCCTGCCAACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGGTGCCAAACCACATTGAACGGcac > 3:77372/3‑147 (MQ=255) ctcgcGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACcaca > 7:162185/1‑135 (MQ=255) ctcgcGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACcaca < 8:162185/135‑1 (MQ=255) tcgcGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACggg < 7:334693/72‑1 (MQ=255) tcgcGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACggg > 8:334693/1‑72 (MQ=255) tcgcGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCcgcg > 3:308756/1‑148 (MQ=255) gcgcCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTAc > 1:253325/1‑149 (MQ=255) gcgcCCAGTTACTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTAc > 6:31765/1‑149 (MQ=255) cccAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGAc < 3:232654/149‑1 (MQ=255) cAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGGCACTTTCATGCGCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGccc < 7:212526/138‑1 (MQ=255) cTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCAtt < 6:327336/148‑1 (MQ=255) gCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTgg > 3:200800/1‑148 (MQ=255) ccAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGt > 3:348405/1‑148 (MQ=255) aGTCGATTTCAGACAGCGGATTATAACTTACGTCCATGTTGCACTGCGAACGTGTGCTTTCGGTCACTTTCATGCCAACTTTTTCCTGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTTACCGGCCCGCGTACGACCAGCAGTGGTaaa < 4:77372/149‑1 (MQ=255) cTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGgt < 4:348405/149‑1 (MQ=255) tCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTTGTAAACCGgtg < 5:370472/147‑1 (MQ=255) gACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGtcat > 7:297294/1‑148 (MQ=255) gCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGTCATCAGCt < 5:31765/149‑1 (MQ=255) gCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCGGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGTCATCAGCt < 8:276502/149‑1 (MQ=255) | CTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGTCATCAGCT > NC_000913/2597876‑2598167 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |