Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,683,585 | G→A | 39.6% | intergenic (‑138/+45) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,683,585 | 0 | G | A | 39.6% | 119.1 / 164.1 | 154 | intergenic (‑138/+45) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/47); new base A (30/31); total (76/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGC > NC_000913/3683436‑3683733 | gTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGca > 7:136707/1‑148 (MQ=255) gTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGca > 3:4800/1‑148 (MQ=255) gTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGca < 4:4800/148‑1 (MQ=255) cATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCAGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAc < 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cTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttttt < 1:304769/148‑1 (MQ=255) cTTTAGTAAAACCACAGTTCTTGTAAGGATATGGGGTACCTGCGGACTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttttt > 4:155485/1‑148 (MQ=255) cTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACttttt > 1:41668/1‑148 (MQ=255) tttAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTa > 5:387957/1‑148 (MQ=255) tttAGTAAAACCACAGTTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTa > 7:180655/1‑148 (MQ=255) tAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAGAAAGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACTTTTTaaa < 1:60317/148‑1 (MQ=255) aGTAAAACCACAGTTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACTTTTTaaat < 7:297951/148‑2 (MQ=255) gTAAAACCACAGGTCTTG‑AAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAAAACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGttt > 4:304944/1‑149 (MQ=255) aaaaCCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGAACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGtttt > 6:17532/1‑149 (MQ=255) aaaCCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTg < 6:89464/149‑1 (MQ=255) 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aaaaaGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTcc < 8:107661/86‑1 (MQ=255) aaaaaGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTATCTCTCTTCGAAGATTTCAAGAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATa > 7:426007/1‑149 (MQ=255) aaaaaGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGaa > 3:235328/1‑103 (MQ=255) aaaaaGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGaa < 4:235328/103‑1 (MQ=255) aaaaGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACGTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATAc > 2:41867/1‑149 (MQ=255) aaGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAACCCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCa > 5:195849/1‑149 (MQ=255) tAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGc > 2:172158/1‑148 (MQ=255) aaaGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGc > 4:71315/1‑149 (MQ=255) aaGTTTGAGCTGGCTCACACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCATCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCt < 1:119061/149‑1 (MQ=255) tttGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCtttt < 1:372132/149‑1 (MQ=255) gCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCttt < 8:313426/139‑1 (MQ=255) gCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTgg > 3:1965/1‑40 (MQ=255) 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NC_000913/3683436‑3683733 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |