| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 755708 | 12 (0.360) | 27 (0.880) | 24/240 | 0.4 | 74.8% | coding (149/348 nt) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| ? | NC_000913 | 755784 = | 7 (0.230) | coding (225/348 nt) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 | |||||
TGGTAAGCAACGCCTCCGCATTAGGACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTC > NC_000913/755561‑755853 | tGGTAAGCAACGCCTCCGCATTAGGACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTCCCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGG > 6:86947‑M1/1‑148 (MQ=255) tCCGCATTAGGACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgtt > 5:26189‑M1/1‑134 (MQ=255) tCCGCATTAGGACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCct > 2:98607/1‑145 (MQ=255) tCCGCATTAGGACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCct < 1:98607/145‑1 (MQ=255) gACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTc > 7:118156/1‑143 (MQ=255) gACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTc < 8:118156/143‑1 (MQ=255) gACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCa > 2:172450/1‑147 (MQ=255) aaTGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGtt > 4:4080/1‑149 (MQ=255) tGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTGGCGCTACCGCTTTCGTGCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaac < 7:71502‑M1/149‑33 (MQ=255) aCATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctgg > 1:13957‑M1/1‑111 (MQ=255) tttCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGca < 5:13813‑M1/107‑3 (MQ=255) tttCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGca > 6:13813‑M1/1‑105 (MQ=255) aTCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgc > 6:98500‑M1/1‑101 (MQ=255) aTCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgc < 5:98500‑M1/145‑45 (MQ=255) aTCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgac < 5:16668‑M1/119‑19 (MQ=255) aTCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgac > 6:16668‑M1/1‑101 (MQ=255) tCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTAGGTTTTTTCGCTACCTGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcc < 2:92914‑M1/144‑48 (MQ=255) tCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGATCTACAGAATTTATATGGTCGTTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcc > 1:92914‑M1/1‑97 (MQ=255) cTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactg > 1:41530‑M1/1‑88 (MQ=255) cTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgatt < 2:41530‑M1/149‑68 (MQ=255) cTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgatt < 5:86947‑M1/149‑68 (MQ=255) gTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTAGAt < 1:172450/149‑1 (MQ=255) tGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTAGATCgg > 1:65267/1‑148 (MQ=255) aCGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgca < 2:91026‑M1/147‑77 (MQ=255) aCGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTAGATCGGCAt < 2:65267/149‑1 (MQ=255) gCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactgg > 6:68127‑M1/1‑69 (MQ=255) gCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactgg > 1:51932‑M1/1‑69 (MQ=255) tACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactggtg < 2:13957‑M1/147‑83 (MQ=255) aCATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactggtggtt > 8:3733‑M1/1‑64 (MQ=255) atcatTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTAGATCGGCATGTGGCAGgt < 3:4080/149‑1 (MQ=255) tttATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgc < 6:13242‑M1/114‑57 (MQ=255) tttATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgc > 5:13242‑M1/1‑58 (MQ=255) tatGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactggtggtttacgtgattt < 7:3733‑M1/149‑96 (MQ=255) atGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgac < 4:49996‑M1/75‑23 (MQ=255) atGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgac > 3:49996‑M1/1‑53 (MQ=255) tGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactggtggtttacgtgatttat < 6:26189‑M1/149‑98 (MQ=255) tttCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactggtggtttacgtgatttatggattcgtt < 2:51932‑M1/148‑107 (MQ=255) aaGTCTGGATCGGcatgtggcaggtgttgaccgactacgttaaaccgctggctttgcgcctgatgctgcaactggtgattgtcgttgcactggtggtttacgtgatttatggattcgttgtggtgtggggtgtgtgatgaaattgcca < 5:68127‑M1/148‑136 (MQ=255) tatggtCGGTTTTTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGa < 2:106213/144‑1 (MQ=255) tCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTAGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTc > 5:127387/1‑149 (MQ=255) | TGGTAAGCAACGCCTCCGCATTAGGACGCAATGGCGTACATGATTTCATCCTCGTTCGCGCTACCGCTATCGTCCTGACGCTCTACATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTC > NC_000913/755561‑755853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |