| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,683,473 | G→A | intergenic (‑26/+157) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,683,473 | 0 | G | A | 97.5% | 527.1 / 0.2 | 159 | intergenic (‑26/+157) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (83/70); total (87/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAA > NC_000913/3683327‑3683615 | aGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTCCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATc < 1:113684/149‑1 (MQ=255) ccGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGCGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCtt < 1:78621/149‑1 (MQ=255) cGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTg < 7:81078/149‑1 (MQ=255) cGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTg > 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tCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAGGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTTGCTCGCACAAACCAGCACtttt > 6:54410/1‑149 (MQ=255) cTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTa < 5:39939/149‑1 (MQ=255) tAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTg < 6:42981/83‑1 (MQ=255) tAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTg > 5:42981/1‑83 (MQ=255) gTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGATAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGtt > 7:305677/1‑149 (MQ=255) tAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGttt > 3:109366/1‑149 (MQ=255) 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aaaCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTg < 3:102545/149‑1 (MQ=255) cacaGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGtttt < 1:423120/144‑1 (MQ=255) cacaGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTaa > 2:227110/1‑148 (MQ=255) | AGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAA > NC_000913/3683327‑3683615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |