| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,587,825 | C→A | 9.6% | A158S (GCG→TCG) | ydeR ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,587,825 | 0 | C | A | 9.6% | 267.5 / 5.3 | 88 | A158S (GCG→TCG) | ydeR | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/49); new base A (7/3); total (36/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCTGGTCATCCCTCAGCTCTA > NC_000913/1587679‑1587971 | gccATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCATGTGTAGATCACATTGATTAGCGcc < 4:51746/148‑1 (MQ=255) ttAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGa < 1:147036/148‑1 (MQ=255) ttAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGa > 7:380877/1‑148 (MQ=255) ttAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGa > 1:43292/1‑148 (MQ=255) tAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGAt > 5:92814/1‑148 (MQ=255) aaTAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGACCACATTGATTAGCGCCTCGAt > 8:38079/1‑147 (MQ=255) aaTAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGACCACATTGATTAGCGCCTCGAt < 7:38079/147‑1 (MQ=255) gaagaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTc > 5:76085/1‑148 (MQ=255) gaagaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTc < 8:115008/148‑1 (MQ=255) gaagaTAAATACCGAACAGGACCTTTATAATGATTGTTTTACCCATTATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGTTGTAGATCACATTGATTAGCGACTCGATCGtt < 2:197793/147‑1 (MQ=255) gaagaTAAATACAGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTc < 1:157328/148‑1 (MQ=255) aataTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTcc < 4:310941/145‑1 (MQ=255) aagaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACGGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTcc > 7:145224/1‑148 (MQ=255) gaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGACTCTATcataaact > 8:171058/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |