| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,021,175 | A→G | 5.2% | Q13R (CAA→CGA) | sxy → | CRP‑S‑dependent promoter expression factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,021,175 | 0 | A | G | 5.2% | 244.1 / 2.8 | 77 | Q13R (CAA→CGA) | sxy | CRP‑S‑dependent promoter expression factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/39); new base G (2/2); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
GGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAA > NC_000913/1021028‑1021323 | gggAAAACATAAATTAATCTTTCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACaa < 3:389007/149‑1 (MQ=255)gggAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACaa < 5:205901/149‑1 (MQ=255) taaaaCATAAATTAATCTTGCCCCTTAATAATAAGTTGCATATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCAATCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACaa < 5:137010/146‑1 (MQ=255) gAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAg > 8:169353/1‑148 (MQ=255) aTAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCt < 7:187375/149‑1 (MQ=255) aTAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCt < 7:30990/149‑1 (MQ=255) aTAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCt < 2:238425/149‑1 (MQ=255) aaTTAATCTAGCCCCTAAAGCATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCGTTTATGTTATTATTTTAAAAGGAATTTTAGGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGc < 4:216926/149‑1 (MQ=255) gCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTggg < 2:374043/148‑1 (MQ=255) gCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTgg < 4:344495/147‑1 (MQ=255) cTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACaa > 5:246847/1‑149 (MQ=255) cTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACaa > 6:267071/1‑149 (MQ=255) ttAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAAt > 7:73758/1‑149 (MQ=255) ttAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAAt > 2:340030/1‑149 (MQ=255) ttAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAAt > 8:265521/1‑149 (MQ=255) aaGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAAtt < 1:340030/148‑1 (MQ=255) aGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTg < 7:265521/148‑1 (MQ=255) gAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGaa < 2:85292/149‑1 (MQ=255) aGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCg < 7:169353/149‑1 (MQ=255) gTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGa > 2:89855/1‑149 (MQ=255) ttGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGaa > 5:272551/1‑115 (MQ=255) ttGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGaa < 6:272551/115‑1 (MQ=255) ttGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAt < 1:89855/149‑1 (MQ=255) ttGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAt > 8:190887/1‑149 (MQ=255) ttGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAt < 3:197412/149‑1 (MQ=255) cTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAAtt < 1:125701/135‑1 (MQ=255) cTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAAtt > 2:125701/1‑135 (MQ=255) tATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTg > 4:94329/1‑149 (MQ=255) tATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTGAGGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCGATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTTAATACCGATCATTg > 4:88784/1‑149 (MQ=255) aTTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGt > 4:102467/1‑149 (MQ=255) ttttCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGtt < 6:246847/149‑1 (MQ=255) ttttCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGtt < 7:21185/149‑1 (MQ=255) ttttCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAACTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGtt > 5:24089/1‑149 (MQ=255) ttCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTg > 4:193952/1‑149 (MQ=255) gTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGc < 7:157338/148‑1 (MQ=255) gTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCa < 5:267071/149‑1 (MQ=255) 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aTGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACGAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTga < 4:217821/149‑1 (MQ=255) aTGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACGAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTga < 8:320643/149‑1 (MQ=255) aTGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTga < 3:193952/149‑1 (MQ=255) aTGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTAT‑AAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTga < 2:417528/148‑1 (MQ=255) gtgAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCTTGACCGTTgcc > 2:334506/1‑146 (MQ=255) aaTCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGAcc < 1:431966/139‑1 (MQ=255) aaTCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGAcc > 2:431966/1‑139 (MQ=255) aaTCATTCTTTTATGTTATGATTTAAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTGGGGCACAATTTAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGaca < 8:236596/149‑1 (MQ=255) ttttATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGTAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGttt > 4:206254/1‑149 (MQ=255) ttatgATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg > 3:22018/1‑149 (MQ=255) 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gAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGt > 1:78195/1‑149 (MQ=255) aaaaGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTGGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTc < 7:404076/148‑1 (MQ=255) aaaGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCgg > 2:349260/1‑149 (MQ=255) gCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGgtgt > 6:367267/1‑111 (MQ=255) gCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGgtgt < 5:367267/111‑1 (MQ=255) cTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGgt < 7:241955/102‑1 (MQ=255) cTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGgt > 8:241955/1‑102 (MQ=255) cTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAg > 7:324335/1‑148 (MQ=255) taAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCaaa < 8:91242/149‑1 (MQ=255) taAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCAAAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCaaa < 8:340555/149‑1 (MQ=255) gATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGcac < 3:147721/149‑1 (MQ=255) ataAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTAc > 2:164132/1‑149 (MQ=255) taAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGCCACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACt < 3:248337/149‑1 (MQ=255) tCACAAGAATACCTGGTAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTgtgt < 3:206254/149‑1 (MQ=255) aaGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGCCACGGTGGTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTaaaa < 6:386489/149‑1 (MQ=255) aaGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTaaaa > 4:162512/1‑149 (MQ=255) | GGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAA > NC_000913/1021028‑1021323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |