| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC JC | NC_000913 | 4,545,942 | IS1 (+) +9 bp | 21.3% | coding (847‑855/2637 nt) | fimD → | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4545950 | 83 (1.000) | coding (855/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 25 (0.280) | 24/244 | NT | 21.8% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4545942 = | 83 (0.990) | coding (847/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
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GACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACC > NC_000913/4545795‑4546088 | gACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAAt < 3:82441/148‑1 (MQ=255)gACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAAt < 8:165207/148‑1 (MQ=255) tgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTg > 8:203226‑M2/146‑148 (MQ=255) aGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTgg > 8:62018/1‑148 (MQ=255) atcatcAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATTGTTATACTCAGGGCGATATTTTACATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGc > 4:270332/1‑147 (MQ=255) tcatcaGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCt < 4:133724/148‑1 (MQ=255) gTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGa < 5:271639/148‑1 (MQ=255) tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAg < 7:88424‑M2/10‑1 (MQ=255) cAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAat < 7:62018/148‑1 (MQ=255) aaaaTAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAatat > 1:175559/1‑148 (MQ=255) aaataaatGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATg > 7:45047/1‑148 (MQ=255) gcagcaTATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGa > 6:288668/1‑147 (MQ=255) gcagcaTATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGAt < 2:215959/148‑1 (MQ=255) agcaTATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAg < 5:288668/148‑1 (MQ=255) caTATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAata < 3:357070/133‑1 (MQ=255) tatCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATATTACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTTGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAAt < 6:331890/113‑1 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCa > 1:54891‑M2/113‑147 (MQ=255) atCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCaaa > 6:394434/1‑148 (MQ=255) atCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCa > 1:371447/1‑146 (MQ=255) atCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCa > 3:16890/1‑146 (MQ=255) tCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCaa < 2:371447/146‑1 (MQ=255) tCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCa > 2:387797/1‑145 (MQ=255) tCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCa > 5:351210/1‑145 (MQ=255) gctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCaaa < 2:235761‑M2/37‑1 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGAt < 4:362155‑M2/43‑1 (MQ=255) aCCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAat < 4:111314/123‑1 (MQ=255) aCCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAat > 3:111314/1‑123 (MQ=255) ccTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGAtt < 2:326706/148‑1 (MQ=255) cTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAAtt < 6:5980/105‑1 (MQ=255) cTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGAttt < 5:45535/148‑1 (MQ=255) 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cgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCaa < 7:429172‑M2/36‑1 (MQ=255) gaCATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATcc < 5:394434/148‑1 (MQ=255) aCATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCa < 8:455135/148‑1 (MQ=255) cATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 2:401242‑M2/148‑52 (MQ=255) tcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTAc < 4:163873‑M2/25‑1 (MQ=255) tcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTAc > 3:163873‑M2/88‑112 (MQ=255) 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> 5:324975‑M2/1‑89 (MQ=255) tACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCaa > 1:219843/1‑113 (MQ=255) aCGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCg < 6:437134/147‑1 (MQ=255) ttCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGt < 4:213639/148‑1 (MQ=255) gtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTa > 1:314504‑M2/73‑148 (MQ=255) gtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTa < 7:203226‑M2/76‑1 (MQ=255) 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7:446329/1‑147 (MQ=255) aGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATggg < 2:70421/146‑1 (MQ=255) aGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGt < 5:68883/147‑1 (MQ=255) ggCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATg < 6:25791/52‑1 (MQ=255) ggCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATg > 5:25791/1‑52 (MQ=255) ggCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTa < 3:218594/115‑1 (MQ=255) ggCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTAt > 3:61111/1‑147 (MQ=255) ggCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTAt > 2:269493/1‑147 (MQ=255) tatTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACa < 2:374048/146‑1 (MQ=255) ttttCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtg > 5:315511‑M2/1‑41 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTta > 5:77456‑M2/32‑147 (MQ=255) aTGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgta > 7:129207‑M2/1‑35 (MQ=255) aTGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGt > 7:378789/1‑132 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCa < 1:341178‑M2/59‑1 (MQ=255) ttAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGt > 7:327910/1‑148 (MQ=255) tAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAggtgatgctgccaacttactgatttattgtatgatggagttttaga < 1:80798‑M2/74‑47 (MQ=255) tAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTa > 2:207779/1‑143 (MQ=255) tAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTa < 1:207779/143‑1 (MQ=255) aCTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGcc < 4:61111/148‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTAt > 6:283033‑M2/15‑106 (MQ=255) ttggagtcattaccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATATGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCAcc < 2:54891‑M2/134‑1 (MQ=255) tCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTc < 6:189346/100‑1 (MQ=255) gcggcgCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCgg < 8:327910/147‑1 (MQ=255) taccTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCttt > 8:151001‑M2/5‑147 (MQ=255) caATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTa > 5:414526/1‑148 (MQ=255) cTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTAcc < 7:151001‑M2/147‑1 (MQ=255) | GACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACC > NC_000913/4545795‑4546088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |