| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 13.9% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 13.9% | 95.8 / 4.2 | 47 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/19); new base T (3/4); total (23/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAT > NC_000913/2560857‑2561138 | aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgcggg > 1:154960/1‑145 (MQ=255)aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 3:298021/149‑1 (MQ=255)aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 2:89510/149‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACCACATGAAATAACCGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 6:376065/149‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 3:368703/149‑1 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATAGGTGTGTAAAAAGTAGCATTGAAGGAGGGTCaaaat > 8:426960/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAAGGTGGGTAAAAAGATGCCGTTAAGGAGGGTCaaaatt > 3:154014/1‑147 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 8:420232/149‑1 (MQ=255) ggaattattCAACCCCTACATCATGAAATAACCGAATCAGGCGCGCAATCTTGCCGCCTTTTCTTTGCCATAATTCCATGCATTCAGGTGGGCAAAATGTTGCCGTTAGCGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 6:66293/146‑1 (MQ=25) gTTATTATTCTACCAGTATAACATGAAATAAAGGTATCTGGCTTGCATTTATCCAGGCTTTTGTTTGGCTTAATTACATGAATTCTTGTTGGTTAAAAGTTCGCGTTATTGGTGGTTATAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 6:168566/148‑1 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 8:328893/141‑1 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 7:328893/1‑141 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTACCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 1:349118/1‑149 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTgactt > 7:45012/1‑144 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 2:18920/1‑128 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:18920/128‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGAGTGGTGTGTAAAAATTTGCCGTCTAGGGGGCGCAAAATTTgaagtg > 8:379400/1‑143 (MQ=255) actCACGCCGTACTACATGCAATAAAGCAATCAGTCGTCCAATGTTACCGCCTTTTCTTTGCCTTTATTGCATGTATTCAGGGGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTTGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 2:154960/146‑1 (MQ=21) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGccttgag > 7:46955/1‑144 (MQ=255) tccaGCCGTACCACATGAAATACAGGACTCTCGACGGCACTTTTTACTCCTTTTCTTTGCCTTTAATCCATGCATTCAGGCGGGTCAACTGCCGCCCTTTTTTGTGGCTCAAAACATTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:349118/146‑1 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGGGGGTCAATAGTTGAAGTTAAg > 1:223787/1‑149 (MQ=255) cacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 5:100720/148‑1 (MQ=255) aaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGTAAGGGGGGTGTAAATTTGACg > 7:277714/1‑149 (MQ=38) ccGGAATCAGGCGGGCCATGATCCCGCATTTTCGATGCCTTAATTCCAAGAATTCAGGCGGGTAAAAAGCGCCCGTTAGAGGTGGGTCAAAACCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:419712/124‑1 (MQ=21) cAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGTGTGAAAAGTTGCCGTTTATGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAATTCTACAAtaa > 1:118082/1‑147 (MQ=37) tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGCTCAAAATTTGAATTTAAGGTGTGTCAAAATTTGACTAGTAAGAATTATAATATTAAg > 3:218795/1‑148 (MQ=25) tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAATTTTTGCAGTTAAGGGGGGTCAAAATTTTACTAGAAAGAATTGTACAAtatag > 3:7856/1‑144 (MQ=25) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGGAGTTAAGGTGGGGGAAAAGTTGACTAGAAAGCATTCTAATATAATGAATACTAGGCGACGGGAGt > 5:324163/1‑149 (MQ=25) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGATGGTGGGTGAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAATAGTTGCCGAGTAAGAATTCTTCTATTAAGATTTCTAGGCGGCGGGAGtt > 7:181409/1‑149 (MQ=37) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGTTTAGGTGGCTCAAAAGTTGCGGAGTAAGAATTCTACAATAAAGAATTGTACGCGTCGGGAGtgtttt > 7:346706/1‑149 (MQ=25) aaTTCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttttt < 1:109746/148‑1 (MQ=255) aTTTCATGAATTCCGGTGTGTTAAAATATGCCCTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttttt < 8:45012/148‑1 (MQ=25) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTTGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAACATTTGGCGATAACGTGGCGCAAAAGTTGACGAGAAAGAATTATAAAATTAAAATTTAAAGGCGACGGGAGTGTTTTaaact > 2:316714/1‑145 (MQ=16) ctgTGGGTCAAAAGAAGCCGTTCTGGGGGGGTAAAAACACGCCTTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcgg < 7:273373/147‑1 (MQ=37) tGGGTCAAAAGCAGGCGTTAGGGGTGGGTCAAAACGAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCa < 7:426960/149‑1 (MQ=38) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGACAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCAGGTCGGTCa > 3:153695/1‑146 (MQ=255) aaaGTTGGCTTTATTGGGGGGTCAATTCATGCCTTTTAGTTGGGTCAAAAGTTTGATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 8:258593/148‑1 (MQ=255) aatttGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGt < 3:88391/146‑1 (MQ=255) cccttAGGGGTGGCTCAAATGCCGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCTTAGAGAGTCGCCTa < 7:298288/146‑1 (MQ=38) attAGTGGGGGGTAAATTGGTGCCTTTTAGTTGGGTTAAATGTTGCCGTTCAGGTGTGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 2:222445/148‑1 (MQ=255) gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGCGTCGCCTAGCGtt > 6:264202/1‑148 (MQ=255) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAATAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCTACGGGAATTTTTTAGCATCCAGGTAGGTCATAGAGAGTCGCCTAGACTTa > 6:269266/1‑148 (MQ=37) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAATAATTCTAGGAGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTAAAACag > 5:113173/1‑146 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGa < 3:350571/97‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGa > 4:350571/1‑97 (MQ=255) aaaacgtGCCGTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa < 7:79947/143‑1 (MQ=255) gTTGACTTTAAGTTGTGTTAAATTTTTCAGTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat < 2:237668/149‑1 (MQ=255) | AACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAT > NC_000913/2560857‑2561138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |