| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 267,148 | Δ1 bp | 5.1% | intergenic (‑181/+36) | ykfK ← / ← yafZ | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator;Phage or Prophage Related/CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 267,148 | 0 | G | . | 5.1% | 256.2 / 6.9 | 78 | intergenic (‑181/+36) | ykfK/yafZ | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator;Phage or Prophage Related/CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/36); new base . (2/2); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
TTACTTTAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGC > NC_000913/267010‑267294 | ttACTTTAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGCGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGata > 3:353573/1‑149 (MQ=255) aCTTTAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGatat < 3:82753/148‑1 (MQ=255) cTTTAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATAtt < 1:29769/148‑1 (MQ=255) tttAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCCGCGGGGGTTGCCGGCCTTCCGTCGGTGAGTGAGGAGCGTCAGCACGGTGCGCTGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTat > 2:101752/1‑148 (MQ=37) tttAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTaa > 2:106418/1‑149 (MQ=255) tttAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTaa > 2:100719/1‑149 (MQ=255) tttAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTaa > 4:155028/1‑149 (MQ=255) tttAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACAACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTaa > 5:69848/1‑149 (MQ=255) aaGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACaa < 1:107766/148‑1 (MQ=255) agagGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAag > 8:156549/1‑149 (MQ=255) gagGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTTTTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCGTTCGCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGGGAGGTGGTGTGCGATATTTACAAag > 2:197951/1‑148 (MQ=255) ggTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCaa > 3:388054/1‑149 (MQ=255) ggACAGGGTATGCACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGTACCCTCAGCACTGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACAtt < 1:197951/149‑1 (MQ=255) cAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTaaa < 5:172383/149‑1 (MQ=255) cAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTaaa < 7:156549/149‑1 (MQ=255) ggTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGat < 4:340582/123‑1 (MQ=255) ggTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGat > 3:340582/1‑123 (MQ=255) tGGACACCACAGTAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCa < 6:287121/148‑1 (MQ=255) tGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAggtggt > 4:317819/1‑112 (MQ=255) tGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAggtggt < 3:317819/112‑1 (MQ=255) tGGACACCACAGAAAATATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGATGGAGCTGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTTGTGTCCGATATTAACAAATCAGCAACATTAAACTTTCAc < 8:268892/149‑1 (MQ=255) ggACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGt > 8:164240/1‑145 (MQ=255) ggACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGt < 7:164240/145‑1 (MQ=255) ggACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACt > 1:158114/1‑149 (MQ=255) gagagcacaGATACTATTTTTCTTTTCTGCAAAAGGAAGAGTCAGCGGGGGTTACAGGCGTTCCGTCGGTGAGTGAGGACCGTGAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCGGATATTAACAAatcag < 8:240614/125‑1 (MQ=37) gACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGGGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTctct < 8:327715/148‑1 (MQ=255) gACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAagcag > 7:240614/1‑130 (MQ=255) gACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGAGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTg > 2:153575/1‑149 (MQ=255) ccacAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGt > 7:8166/1‑149 (MQ=255) acaGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTg > 1:249570/1‑149 (MQ=255) caGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGc > 4:379480/1‑149 (MQ=255) aGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTcc < 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agGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGc < 6:69848/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGtt < 6:26020/149‑1 (MQ=255) cGGGGGCTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGtt < 6:327879/149‑1 (MQ=255) ttACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAg < 4:337635/146‑1 (MQ=255) ttACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAg > 3:337635/1‑146 (MQ=255) ttACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGttt > 6:351713/1‑149 (MQ=255) ttACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGttt > 6:388550/1‑149 (MQ=255) aaaGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCTGCTAGGTGCGATGCGGTCAGGTGGTGTCCGATATTAACAAATGAGCAAGATTTAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCTGCATCACCCACAGTGCGCTGTTAAGTTTc < 6:404544/146‑1 (MQ=25) cAGGCCTTCCCTCGGGGAGGGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGCGGTGTCCGATATTAACAAAGCCGCAACATTAACCGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCAc < 2:295912/149‑1 (MQ=25) ttCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTcccc > 4:118361/1‑149 (MQ=255) 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ggTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATa > 7:268279/1‑149 (MQ=255) ggTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATa < 3:118361/149‑1 (MQ=255) ggACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGGCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAAc < 3:222641/148‑1 (MQ=255) ggACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGT‑GTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACgg > 2:150198/1‑149 (MQ=255) ggACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGT‑GTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACgg > 6:281978/1‑149 (MQ=255) 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TTACTTTAAAGAGGGGGTCGGACAGGGTATGGACACCACAGAAACTATTTTTCATTTCTGCAAAAGCCAGAGGCAGCGGGGGTTACAGGCCTTCCCTCGGTGAGTGAGGACCGTCAGCACGGTGCGATGCGGACAGGTGGTGTCCGATATTAACAAAGCAGCAACATTAAACGGTCACTGCAGTTGCGTGAGCAGGGCTTCCGCCATCACCCACAGTGCCCGGTTAAGTTTCACGTCCCCGTCGATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGC > NC_000913/267010‑267294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |