| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,287,425 | +TA | intergenic (‑54/‑339) | acs ← / → nrfA | acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 95.0% | 61.4 / ‑2.8 | 20 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (10/9); total (10/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 2 | . | A | 95.0% | 61.8 / ‑2.7 | 20 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (10/9); total (10/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
TTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAG > NC_000913/4287282‑4287543 || ttgttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑Tataggg < 7:76087/149‑6 (MQ=255) ccTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGtttt < 4:44946/149‑1 (MQ=255) cTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTg > 1:153605/1‑149 (MQ=255) tATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGAc < 2:153605/148‑1 (MQ=255) aGGCAACGGTCTGCGATGTGGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGAt < 3:98810/148‑1 (MQ=255) cAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACg > 6:60732/1‑149 (MQ=255) ggTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaaa < 5:60732/149‑1 (MQ=255) tGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt > 3:66361/1‑126 (MQ=255) tGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt < 4:66361/126‑1 (MQ=255) aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAggg < 8:96834/143‑1 (MQ=255) aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAggg > 7:96834/1‑143 (MQ=255) cATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGTAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGt > 5:81584/1‑148 (MQ=255) aTGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGt > 1:159166/1‑147 (MQ=255) cTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACa < 7:70410/91‑1 (MQ=255) cTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACa > 8:70410/1‑91 (MQ=255) ttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACg > 7:34636/1‑121 (MQ=255) ttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACg < 8:34636/121‑1 (MQ=255) ttGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAt > 6:96151/1‑149 (MQ=255) tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTaa < 2:159166/149‑1 (MQ=255) aataatATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAg > 1:26788/1‑149 (MQ=255) || TTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAG > NC_000913/4287282‑4287543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |